MÉTODO CIENTÍFICO Y ANÁLISIS DE DATOS EN ECOLOGÍA

Método científico y análisis de datos en ecología

Noviembre 2008

Luis M. Carrascal

Dept. Biodiversidad y Biología Evolutiva

Museo Nacional de Ciencias Naturales

Consejo Superior de Investigaciones Científicas

C/ José Gutiérrez Abascal, 2. 28006 Madrid. SPAIN

Literatura seleccionada:
* Hairston, N.G. (1989). Ecological Experiments: Purpose, Design and Execution. Cambridge Studies in Ecology, Cambridge Univ. Press, Cambridge.

* Underwood, A.J. (1997). Experiments in ecology: their logical design and interpretation using analysis of variance. Cambridge Univ. Press, Cambridge.
* Scheiner, S.M.; Gurevitch, J. (2001). Design and analysis of ecological experiments. Chapman & Hall, New York.
* Quinn, G.P.; Keough, M.J. (2002). Experimental design and data analysis for biologists. Cambridge Univ. Press, Cambridge.
* Keppel, G. (1991). Design and analysis: a researcher’s handbook. Prentice Hall, New Jersey. Nueva versión.
* Breiman, L. (1984). Classification and Regression Trees. Chapman & Hall
* Crawley, M.J. (1998). GLIM for Ecologists. Blackwell Science.
* Hastie, T.J.; Tibshirani, R.J. (1997). Generalized Additive Models. Chapman & may.
* Maxwell, S.E.; Delaney, H.D. (1990). Designing Experiments and Analyzing Data. A model comparison perspective. Wadsworth Publishing Company, Belmont, CA. Nueva versión.
* Burnham, K.P.; Anderson, D. (2003). Model Selection and Multi-Model Inference. Springer.
* Valencia, J.L.; Díaz-Llanos, F.J. (2004). Métodos de Predicción en Situaciones Límite. Ed. La Muralla, Madrid.

ASPECTOS GENERALES

Examen de hipótesis, Hipótesis Nulas, Significación, Errores de tipo I y II, elección de tests. Potencia de los tests

Elementary Concepts in Statistics [pdf]

P values and statistical significance [pdf]

Errores de tipo I y II [pdf]

The logic of Hypotesis Testing
Null hypothesis testing
Citations Questioning the Indiscriminate Use of Null Hypothesis Significance Tests in Observational Studies - Quotes Regarding Hypothesis Testing

Presentación general sobre estadística [pdf]

Trampas en los análisis de datos [pdf]
Selected reprints by David R. Anderson

Choosing statistical tests [pdf]

The Most Important Points

Potencia de los tests

Múltiples estimas de probabilidad

Interpreting Nonsignificant P values [pdf]

Resultados no significativos en investigación [pdf] [pdf] [pdf] [pdf] [pdf]

EXPLORACION DE PATRONES MEDIANTE REGRESION

MODELOS DE REGRESION GENERALES LINEALES

Presentación de conceptos (Wikipedia)
Regresión Múltiple - StatSoft

Multiple Regresión – NC State University
Diagnósticos de regression – ¡haz pruebas!, puntos influyentes y leverage, distancia de Cook, DFFITS, autocorrelación de residuos
A Primer on Interpreting Regression Models

On the misuse of residuals in ecology: regression of residuals vs. multiple regression
Problemas con el uso de residuos [pdf] [pdf]

Reducción de modelos: Mallows' Cp, [link]
Why do we still use stepwise modelling in ecology and behaviour?

REGRESIÓN POR EL MÉTODO DE LOS MÍNIMOS CUADRADOS PARCIALES

Partial Least Squares - The Sage Encyclopedia of Social Science Research Methods

Partial Least Squares - StatSoft

PARTIAL LEAST SQUARES REGRESSION

Partial Least Squares (PLS) Regression. - H. Abdi

An Introduction to Partial Least Squares Regression - Randall D. Tobias
An lnterpretation of Partial Least Squares - Paul H. Garthwaite
Partial Least Squares Regression (PLSR) – Presentación y programa on-line
Partial least squares regression as an alternative to most currently used regression methods in Ecology - (MS en revision)

SIMULACIONES DE HIPÓTESIS NULAS, REMUESTREO, VALIDACIÓN

Null versus neutral models: what’s the difference? – N.J. Gotelli
Resampling, Bootstrap, Jackknife, Permutation tests – Bootstrap – Cross-validation - Monte Carlo method
Resampling and Regression - Bob Andersen

Bootstrapping – David C. Howell

Permutation tests for multi-factorial analysis of variance
Permutation tests for linear models

The Bootstrap, Permutation Tests, Simulation - Susan Holmes

Resampling techniques for statistical modeling - Gianluca Bontempi

What are cross-validation and bootstrapping? - Warren Sarle

Bootstrapping Regression Models - John Fox

PopTools – MS-Excell add-in para simulaciones
EcoSim, null model software for ecologists

DISEÑO EXPERIMENTAL - ANOVAs

GENERALIDADES

Objetivos, diferentes modelos y situaciones de análisis, partición de la varianza, interacciones, comparaciones ‘a priori’ y ‘a posteriori’, supuestos estadísticos y efectos de su violación, interacciones, covariantes.

ANOVA (excelentre presentación)

ANOVA (generalidades) [pdf]

Introduction to ANOVAs

ANOVA/MANOVA (StatSoft)

Analyzing Data with GraphPad Prism (selección ANOVAs; alternativas no paramétricas) [pdf]

Measuring effect size

Ejemplo de distribución de datos y desvío de la normalidad [pdf]